สืบเนื่องจากได้มีพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.2545 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ.2545 ใช้บังคับแล้วนั้น จึงทำให้มีการจัดตั้งสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 13 (ชลบุรี) ขึ้นมาโดยการยุบรวมภารกิจของสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 3 กระทรวงวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อมและศูนย์อนามัยสิ่งแวดล้อมเขต 3 กระทรวงสาธารณสุขเข้าด้วยกัน

สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 13 (ชลบุรี) มีพื้นที่รับผิดชอบ 6 จังหวัด คือ ชลบุรี ระยอง จันทบุรี ตราด ฉะเชิงเทรา และสมุทรปราการ โดยสำนักงานฯ ตั้งอยู่ที่ เลขที่ 31/2 ม.4 ถ.พระยาสัจจา  ต.บ้านสวน อ.เมือง จ.ชลบุรี